O clima em Huauchinango é geralmente temperado e úmido, com temperaturas médias variando de 10 a 20 graus Celsius ao longo do ano. Durante o inverno, as temperaturas podem ocasionalmente cair abaixo de zero, mas essa é uma ocorrência rara. A precipitação é abundante ao longo do ano, com uma média anual de cerca de 2.000 milímetros. As chuvas são mais frequentes entre os meses de junho e setembro, mas há possibilidade de chuva em qualquer época do ano. Os moradores locais experimentam duas estações distintas a cada ano - uma estação chuvosa e outra seca. Durante a estação chuvosa, o clima é caracterizado por dias nublados e úmidos, com chuvas frequentes e fortes. A vegetação ao redor da cidade floresce e se torna exuberante. Durante a estação seca, o clima é mais quente e ensolarado, com dias mais longos e menos precipitações. No entanto, os moradores locais ainda precisam se proteger do sol forte e se hidratar para evitar desidratação. Em geral, o clima em Huauchinango é agradável e convidativo, embora seja importante estar preparado para as mudanças climáticas repentinas. Os visitantes da região são aconselhados a trazer roupas impermeáveis durante a estação chuvosa e protetor solar e roupas leves durante a estação seca.